バージョン管理って難しい?

やっと、Subversionのサーバー設定ができて、Eclipse上で使えるようになった。
SVN上のレポジトリはtruncひとつでやってるけど、知っている人なら当然なんだけど、レポジトリはツリーどおりのディレクトリ構成にはなっていない。リポジトリから、取得して変更はコミットでリポジトリに反映しますと説明しても・・・SVN前まで使っていたディレクトリに「どうして入っていないんですか?」とか聞かれる。うーん、そんなものなのかなぁ。大体、実体のディレクトリにコピーしてるだけじゃ履歴管理できないと思うんだけど、なぞだわぁ。